El convento de Santa Clara comenzó su andadura como un beaterio de mujeres piadosas en 1537. Para un mejor funcionamiento tomaron el hábito de la Tercera Orden Seglar de San Francisco, sin duda bajo la dirección de la entonces floreciente comunidad franciscana de Vico (que había llegado a Arnedo en 1456). Adoptaron el nombre de Beatas de Santa Isabel, que era, entonces, la patrona de la villa de Arnedo. En 1561, aquel beaterio pasó a constituirse en un auténtico convento de hermanas clarisas con la denominación de Convento de Santa Clara.
Su primera casa estuvo situada en las inmediaciones del Arco de las Nieves o Puerta del Cinto donde se levantaban las dependencias conventuales, la iglesia y contaba con una amplia y fértil huerta. Pero el convento, además de verse rodeado de casas debido al crecimiento urbano de Arnedo, no reunía las condiciones necesarias lo que forzó a la comunidad a levantar otro complejo en el término de Orenzana al que se trasladó la comunidad a cuyo frente se encontraba sor María de San José Zendóquiz. El nuevo convento quedó bendecido por el obispo de la diócesis de Calahorra, D. Abilio del Campo y de la Bárcena un 4 de febrero de 1968 (las monjas ya se vivían en él desde el 28 de octubre de 1967).
La familiaridad con las propias monjas, la devoción a Santa Clara o al Santo Cristo convertían a la vieja iglesia en foco de atracción de muchos arnedanos. Del patrimonio histórico artístico en poder el convento destaca el mencionado Santo Cristo procedente del convento franciscano de Vico, de finales del S. XVI, que representa al crucificado muerto en una imagen de gran vigor y dramatismo. Es obra atribuida al escultor arnedano Antonio de Zárraga, «uno de los mejores escultores del momento». La imagen de este crucificado mueve a la devoción durante todo el año en el nuevo convento de Santa Clara, pero cobra especial relevancia en la Semana Santa y ayuda a recordar el acontecimiento de la pasión y muerte de Cristo. Este crucificado empezó a procesionar en 1953 con obreros de la empresa «Garrido Muro» y continúa haciéndolo en la tarde noche del Viernes Santo, ocupando el puesto número trece del orden procesional arnedano. A los pies de la cruz, el paso se completa con las imágenes de las santas mujeres (la Virgen y la Verónica) de la capilla de la Vera Cruz de la iglesia de San Cosme.
Pero el principal patrimonio de este convento, el principal tesoro de estas mujeres está en la motivación que las trajo hasta el interior de estos muros:
Busco un tesoro que escondido está;
busco el camino, la luz, la verdad;
busco la vida, busco el amor,
busco en el claustro la belleza de Dios.
Y en medio de la búsqueda de esa belleza encontrada, esta comunidad, integrada por 13 mujeres, calladamente, viven y vibran incardinadas en las entrañas de la comunidad cristiana de Arnedo.